De Algemene Kerkenraad (AK) is het stedelijk bestuursorgaan van de Protestantse Gemeente Middelburg. De AK kan vergeleken worden met de Tweede Kamer, maar dan op plaatselijk kerkelijk niveau.

In dit orgaan zijn ouderlingen en diakenen van de wijkgemeenten vertegenwoordigd. Daarnaast heeft een vertegenwoordiging van predikanten en kerkrentmeesters zitting in de AK. Het dagelijks bestuur wordt gevormd door het zogenaamde moderamen, waarin een aantal leden van de AK zitting heeft:

Voorzitter AK: e-mail:	Wydo van der Lee wydo.vanderlee@nieuwekerkgemeente.nl
Eerste scriba:   tel.: e-mail:	Joke Héjjas  (0118) 63 74 51 scriba.ak@pgmiddelburg.nl
Tweede scriba:	Vacature .
Afgevaardigde Predikant: tel.: e-mail:	Paulien Couvée (0118) 629927 paulien.couvee@pgmiddelburg.nl
Afgevaardigde Centrale Diaconie:   tel.: e-mailadres:	Laus Bosselaar 0627890334 laus.bosselaar@pgmiddelburg.nl
Afgevaardigde College van Kerkrentmeesters: tel.: e-mailadres:	Sam Gideonse (0118) 611940 voorzitter.cvk@pgmiddelburg.nl

De AK houdt zich bezig met allerlei zaken die van belang zijn voor de Protestantse Gemeente Middelburg als geheel. De AK maakt het kerkelijk stedelijk beleid van de Protestantse gemeente, en voert dat tezamen met wijkgemeenten en andere colleges uit.