De Protestantse Gemeente Middelburg (PGM) kent een Algemene Kerkenraad (AK) die de gemeente bestuurt. In de AK hebben zitting ouderlingen, diakenen en (ouderling) kerkrentmeesters van de aangesloten wijken. Het moderamen bestaat uit de voorzitter, 1e en 2e scriba, een lid van het CvD, een lid van het CvK en een predikant. De eerste vijf genoemden zijn boventallig.

Naast deze bestuurlijke eenheid, is er ook een College van Kerkrentmeesters (CvK) dat zich met alle materiële zaken van de PGM bezig houdt.

Een College van Diakenen (CvD) beheert de diakonale zaken op gemeenteniveau.

Een organigram 2017 kunt u hier: downloaden

De Waalse Gemeente Middelburg is onderdeel van de Réunion Wallonne (de gezamenlijke Waalse kerken) en maakt deel uit van de classis ’Noord-Brabant, Limburg en Réunion Wallonne’, daarom valt ze als zodanig niet onder de AK, het CvD en CvK.